《霸王别姬》讲的是两个戏子与一个时代纠缠一生的故事。程蝶衣自小被母亲卖进戏班，在师父的棍棒和“人戏不分”的训诫下，他将“虞姬”演进了骨头里。他认定自己就是虞姬，而师兄段小楼便是他的霸王。舞台上，他们配合得天衣无缝，唱尽了英雄美人的悲欢；舞台下，程蝶衣却分不清戏与人生的界限，对段小楼生出一种近乎执拗的依恋。
段小楼却是个清醒的俗人。他懂得在戏里做霸王，在戏外做寻常人。他娶了花满楼的菊仙，过起了柴米油盐的日子。这成了程蝶衣心里最深的裂痕——霸王可以别姬，却怎能别了戏？他恨段小楼的背叛，恨他将戏当成了谋生的手段，更恨自己无法从戏里走出来。
时代的洪流一波波涌来。军阀混战，日本人进城，国民党统治，再到新中国建立。戏还在唱，但看戏的人变了，唱戏的规矩也变了。有人要他们演现代戏，有人批判“封建余毒”，有人砸了他们的行头。段小楼在批斗会上被逼着揭发程蝶衣，为了自保，他喊出了最伤人的话，甚至出卖了菊仙。那一刻，霸王跪下了，虞姬的梦彻底碎了。
多年后，空荡荡的剧场里，两人再次穿上戏服。程蝶衣在最后一次唱“我本是男儿郎，又不是女娇娥”时，终于醒悟——自己终究不是虞姬。他用那把曾为霸王舞过的剑，结束了一生。戏唱完了，时代也过去了，只剩那句“不疯魔不成活”在空气中回响。这大概就是《霸王别姬》讲的什么：一个人把灵魂押在戏上，而戏却随时代散了场。