马达加斯加2电影把观众重新带回那片充满笑料与意外的非洲大陆。这一次，狮子亚历克斯不再是纽约中央公园的明星，他必须面对自己真正的血统与责任。故事从企鹅帮偷走一架破旧飞机开始，这群擅长机械的企鹅试图把亚历克斯、马蒂、格洛丽亚和梅尔曼送回纽约，结果却迫降在非洲野生动物保护区。
亚历克斯在这里遇见了失散多年的父母，父亲祖巴是威严的狮群首领，但亚历克斯却发现自己完全不会野生狮子的生存技能。他习惯了被投喂牛排和接受观众欢呼，面对真正的狩猎与领地争夺，他显得笨拙而滑稽。与此同时，马蒂在斑马群中找到了失散多年的亲人，但那些斑马对这位“被人类养大的表亲”充满好奇与不解。格洛丽亚则陷入一场三角恋，河马马库斯对她展开热烈追求，而梅尔曼这位神经质的长颈鹿医生终于鼓起勇气承认自己对格洛丽亚的感情。
企鹅帮依然是全片的节奏掌控者。他们在保护区里建立了一套“人类文明”的运营体系，用简陋的工具制作果汁饮料，甚至开设了观光游览车，把野生动物保护区变成了一个主题乐园。但危机随之而来，一个贪婪的人类猎人盯上了这片土地，企鹅帮不得不联合所有动物展开一场疯狂的保卫战。亚历克斯在战斗中终于意识到，真正的力量不是来自舞台上的聚光灯，而是来自保护家人的决心。
电影的高潮是一场充满爆炸与追逐的越野车大战，企鹅帮驾驶着改装过的吉普车横冲直撞，亚历克斯则用他招牌的“狮吼功”震碎了猎人的车窗。最终，动物们团结一致赶走了入侵者，亚历克斯也决定留在非洲，但保留了他对舞蹈和音乐的热爱。马达加斯加2电影用夸张的动画与密集的笑点，讲述了一个关于身份认同与家庭羁绊的温暖故事，让观众在捧腹之余，也感受到成长带来的微妙酸楚。