雨把伦敦的玻璃窗涂成灰色时，玛丽蜷在沙发里，用毯子裹住自己。她讨厌这栋房子，讨厌它连绵不绝的走廊和永远关不严的窗缝。直到那天，她听见风从墙角的木门缝里漏出来，带着泥土和青草的气味。
那扇门生锈的铰链咬得很紧，像是不愿意被人发现。玛丽用整个身体抵住它，锈屑落在她手背上，痒痒的。门开的瞬间，风灌进她的衣领，她看见一道被藤蔓缠绕的围墙，墙上的蔷薇已经枯萎成褐色，可墙根下有一簇嫩芽，正从石缝里探出头来。
她开始每天去那里。没有剪刀，就用手折断枯枝；没有水壶，就用双手捧来池塘的水。手指被刺划破，她也不在乎。有一天，她发现一个男孩蹲在墙根，手里握着一把生锈的钥匙。他叫科林，是这座房子的主人，却从没走出过自己的房间。他说他快要死了，因为所有人都告诉他，他活不过这个冬天。
玛丽没有回答，只是拉着他跪在泥土里，让他看那簇嫩芽。科林的手在发抖，他第一次碰触泥土，指缝里塞满黑褐色的颗粒。春天来的时候，藤蔓开始泛绿，玫瑰重新抽枝，他们听见鸟在墙头叫。科林站起来，腿还有些抖，但他没有用拐杖，而是慢慢朝池塘走去。
玛丽忽然明白，这花园不是被谁遗弃的，它只是等着有人愿意蹲下来，把耳朵贴近地面，听见种子在黑暗里翻身的声音。阳光穿过藤蔓的缝隙，落在他们沾满泥巴的膝盖上。风把花瓣吹进科林的头发里，他笑了，那笑声惊起一群麻雀，扑棱棱地飞向天空。
秘密花园从来不是秘密，它只是被遗忘的角落。而遗忘，是比冬天更漫长的季节。当玛丽和科林用双手把春天挖出来时，他们自己也跟着发了芽。