夜晚的雨总是下得毫无道理。尼奥从电脑屏幕前抬起头，眼睛干涩得像被砂纸磨过。他收到一条加密短信，只有三个字：跟着白兔走。那晚他跟着那个后背刺着白兔纹身的女孩走进地下俱乐部，崔妮蒂正靠在黑色皮沙发上，手指间夹着一根细长的烟。
“我知道什么是矩阵。”她说这句话时，烟雾从她唇边升起，像某种古老的咒语。尼奥后来才知道，这世上有些真相不是被藏起来的，而是被织成了一张网，密不透风地包裹着所有人。墨菲斯出现时，他递出两颗药丸，一颗红色，一颗蓝色，像命运掷出的两枚硬币。
红色药丸在舌根炸开的瞬间，尼奥感到整个世界像被撕开的画布。镜子融化，墙壁剥落，他发现自己泡在一种黏稠的红色液体里，身上插满导管。原来他从未见过天空，从未呼吸过真正的空气。他以为的二十多年人生，不过是一段被编好的代码，一部长达几万小时的虚假电影。
墨菲斯带他看废墟般的地球，看被机器收割的太阳。尼奥蹲在焦土上，手指插进发黑的泥土里，第一次感受到真实的痛楚。可最让他崩溃的不是残酷的真相，而是那个选择本身。蓝色药丸可以让他继续活在温暖的谎言里，红色药丸却把他扔进冰冷的现实。
训练场里，他学会了跳跃楼宇，躲避子弹。但当他第一次面对特工史密斯时，那种压迫感像铁幕一样落下。史密斯戴着墨镜，面无表情地说：“人类是一种病毒。”尼奥逃跑时撞碎了一面墙，他忽然明白，所谓救世主，不过是那个愿意在真相中多坚持一秒的人。
最后那场雨战里，尼奥被史密斯扼住喉咙。他看见子弹在空气中凝固，看见自己心脏跳动的频率，看见整个矩阵像玻璃一样透明。他伸手穿过史密斯的身体，像穿过一层水幕。那一刻他不再问为什么，他只是相信——相信这个世界可以被改变，相信自由意志比代码更强大。
当他在电话亭里接起电话，说“我知道什么是矩阵”时，语气平静得像在陈述天气。红色药丸的余味还在舌根发苦，但他知道，有些清醒注定要用疼痛来换取。雨停了，他走向下一个出口，身后是碎裂的镜子和无数个未选择的人生。